يقع الجامع الخضراء فى حي الياسمينية بالقرب من "عين العسل" غرب جنوب البلدة القديمة  في موقع أثري قديم تعود أصوله إلى العصر الحجري الحديث، وهو من أقدم جوامع نابلس جميعها، ويتميز الجامع ببنائه على مغارة قائمة إلى يومنا هذا، وهي المغارة التي حزن فيها سيدنا يعقوب على ابنه يوسف عليه السلام، وسميت خلوة المحزون.

وفي عهد الرومان تم بناء كنيسة رومانية على الطراز البازيلكي، وفي بداية الفتح الإسلامي لمدينة نابلس كان المكان مهدماً وتم تشييد مسجد في هذا الموقع، وأنشىء هذا الجامع في عهد الخليفة المعتصم. وبني في منطقة جميلة تكثر فيها الأشجار والزهور والخضرة فاستحق هذا الاسم (جامع الخضراء)، إلا أن الصليبيين اتخذوه كنيسة لهم أثناء احتلالهم لبلاد الشام، وبعد تحرير صلاح الدين الأيوبي بعد تحرير قام بإزالة معالم الكنيسة الصليبية وإعادته كمسجد.

أعيد بناء هذا الجامع الحالي  في عهد السلطان سيف الدين قلاوون الصالحي ما بين سنة 678-689 هـ الموافق 1279-1290م،

وعلى أعلى قوس مدخل جامع الخضراء الداخلي توجد لوحة مكتوب عليها:(عمر هذا المسجد أيام السلطان المنصور سيف الدين قلاوون الصالحي أعز الله بقاء ولده السلطان الصالح علاء الدين).

ويتميز محراب الجامع بنقوش عربية، وآية الكرسي المكتوبة حول حافة المحراب من الداخل، أما نقوش قبة المحراب من الداخل فهي ذات طابع أندلسي. كما أن هناك زخارف عربية على بوابة جامع الخضراء الخشبي. ومئذنة الجامع مربعة الشكل ذات قبة خضراء على نمط مئذنة الرملة على الطراز الأموي،  وفي وسط صحن الجامع السماوي، بركة الوضوء تجري مياهها من عين العسل القريبة منه. ، وتبلغ مساحه القسم المعد للصلاة فيه 300متر مربع.

وقد زاره كثير من الرحالة الأجانب والمسلمين حيث وصفوه أنه ذو مساحة كبيرة جداً ومحاط بالبساتين والأشجار الكثيفة ولهذا سمي بالخضراء لاستمرار اخضرار المنطقة حوله

وقد تهدم جزء من الجامع أثر زلزال، ثم أعيد بناؤها في العهد العثماني، وفي عام  1975م تم ترميم الجامع من قبل أهل البر والتقوى.

تعرض المسجد للهدم الجزئي في اجتياح نابلس عام 2002 من قبل قوات الاحتلال الإسرائيلي وتم اعادة ترميمه من جديد.